Moja wiara wciąż mówi mi, że ludzkość popełniła drugi grzech pierworodny […] Ten grzech będzie prześladował ludzkość do końca czasów. Ten grzech prześladuje mnie. I chcę, aby tak było
We wrześniu 1939 r. terytorium Polski znalazło się pod dwiema okupacjami – niemiecką i radziecką. Na terytorium wcielonym do III Rzeszy oraz w granicach utworzonego przez niemieckie władze okupacyjne Generalnego Gubernatorstwa Niemcy prowadzili politykę zmierzającą do całkowitej zagłady Żydów.
Początkowo polityka władz niemieckich polegała na odizolowaniu Żydów od Polaków. Ludność żydowska była publicznie upokarzana, znaczona przez nakaz noszenia na ubraniach łat lub opasek z gwiazdą Dawida, zmuszana do pracy, a od 1940 r. – masowo przesiedlana do gett. Od jesieni 1941 r. za wyjście z getta, ukrywanie się po „aryjskiej stronie”, a także udzielanie Żydom pomocy – schronienia lub choćby doraźnego wsparcia – groziła kara śmierci.
20 stycznia 1942 r. podczas konferencji w Wannsee pod Berlinem doprecyzowano plan całkowitej zagłady Żydów w obozach śmierci. Likwidację gett, czyli masowe wywózki Żydów do obozów zagłady, rozpoczęto 16 marca 1942 roku.
Część Żydów nie poddała się nakazowi przeprowadzki do getta. Byli i tacy, którzy po zamknięciu w getcie podjęli ryzyko ucieczki na „stronę aryjską”. Szacuje się, że na ziemiach polskich przetrwało w ukryciu lub pod fałszywą tożsamością ok. 30-40 tys. Żydów. Cześć z nich ocalała dzięki bezinteresownej pomocy Polaków. Zdarzało się, że Żydzi ratowali się sami i ocalali wyłącznie dzięki własnej zaradności, albo – co było znacznie częstsze – otrzymywali wsparcie w zamian za sowite wynagrodzenie.
Chciał zostać ambasadorem. Druga wojna światowa pokrzyżowała jego plany. Jan Kozielewski, pseudonim Karski, stał się najwybitniejszym emisariuszem Polskiego Państwa Podziemnego do kontaktów z Rządem RP na uchodźstwie.
We wrześniu 1939 roku jako podporucznik V Dywizjonu Artylerii Konnej trafił do niewoli sowieckiej. Podał się za szeregowca, wysłano go do stalagu pod Kielcami. W drodze wyskoczył z pociągu i wrócił do Warszawy, gdzie rozpoczął działalność konspiracyjną. W 1940 roku wpadł w ręce gestapo. Bity i torturowany, z lęku, że wyda tajemnice, usiłował odebrać sobie życie. „Wiedziałem, że w mojej religii katolickiej taka śmierć jest grzechem. […] Nie urodziłem się widać na bohatera, który, katowany, do końca wytrzymuje i umiera z imieniem ojczyzny na ustach”. Został odratowany. Odbito go ze szpitala, powrócił do konspiracji.

Latem 1942 roku podjął się najważniejszej swej misji: przewieźć do Londynu informacje od przedstawicieli różnych partii o sytuacji w kraju, w tym materiały przygotowane przez Referat Spraw Żydowskich Komendy Głównej AK, dokumentujące eksterminacyjną politykę okupanta wobec Żydów.
Dwukrotnie wszedł do warszawskiego getta. Został też wprowadzony do obozu, z którego Niemcy transportowali Żydów na śmierć.
„Wagon towarowy przeznaczony był na osiem koni lub 40 żołnierzy. […] Niemcy wydali rozkaz pakowania po 130, ale jeszcze dopychali dodatkową dziesiątkę. […] Tłukli na oślep kolbami, strzelali do środka wagonu, wrzeszczeli na nieszczęsnych Żydów. Ci […] wspinali się na ramiona i głowy już znajdujących się wewnątrz. Z głębi wagonu dochodził jakiś potępieńczy ryk i wycie”.
Trafił z raportem do polityków, wojskowych, duchownych, dziennikarzy, pisarzy i przedstawicieli organizacji żydowskich. Referował postulaty zdesperowanych przywódców żydowskich z Polski. Ani Anthony Eden, minister spraw zagranicznych Wielkiej Brytanii, ani Henry Stimson, sekretarz wojny USA, ani sam prezydent USA Franklin D. Roosevelt nie podjęli kroków, które powstrzymałyby Zagładę.

W 1944 roku w Nowym Jorku wyszła książka Karskiego Tajne państwo (tyt. oryg. Story of the Secret State). 400 tys. Amerykanów dowiedziało się o wojennych losach Polaków, o Polskim Państwie Podziemnym oraz o zagładzie Żydów. Karski zamilkł na wiele lat. Zamieszkał w Stanach Zjednoczonych, obronił doktorat i wykładał nauki polityczne oraz historię dyplomacji na Uniwersytecie Georgetown w Waszyngtonie.
„Po zakończeniu wojny dowiedziałem się, że rządy, przywódcy, naukowcy i pisarze nic nie wiedzieli o losie Żydów”, mówił w 1981 roku podczas Międzynarodowej Konferencji Oswobodzicieli.
„Byli zaskoczeni. Zagłada sześciu milionów niewinnych pozostała tajemnicą. (…) Wtedy zostałem Żydem. Podobnie jak rodzina mojej żony, (…) wszyscy pomordowani Żydzi stali się moją rodziną. Moja wiara wciąż mówi mi, że ludzkość popełniła drugi grzech pierworodny: świadomie lub nieświadomie; z narzuconej sobie niewiedzy lub z powodu braku wrażliwości; kierując się własnym interesem, powodowana hipokryzją lub bezdusznym racjonalizmem. Ten grzech będzie prześladował ludzkość do końca czasów. Ten grzech prześladuje mnie. I chcę, aby tak było”.
We wrześniu 1939 r. terytorium Polski znalazło się pod dwiema okupacjami – niemiecką i radziecką. Na terytorium wcielonym do III Rzeszy oraz w granicach utworzonego przez niemieckie władze okupacyjne Generalnego Gubernatorstwa Niemcy prowadzili politykę zmierzającą do całkowitej zagłady Żydów.
Początkowo polityka władz niemieckich polegała na odizolowaniu Żydów od Polaków. Ludność żydowska była publicznie upokarzana, znaczona przez nakaz noszenia na ubraniach łat lub opasek z gwiazdą Dawida, zmuszana do pracy, a od 1940 r. – masowo przesiedlana do gett. Od jesieni 1941 r. za wyjście z getta, ukrywanie się po „aryjskiej stronie”, a także udzielanie Żydom pomocy – schronienia lub choćby doraźnego wsparcia – groziła kara śmierci.
20 stycznia 1942 r. podczas konferencji w Wannsee pod Berlinem doprecyzowano plan całkowitej zagłady Żydów w obozach śmierci. Likwidację gett, czyli masowe wywózki Żydów do obozów zagłady, rozpoczęto 16 marca 1942 roku.
Część Żydów nie poddała się nakazowi przeprowadzki do getta. Byli i tacy, którzy po zamknięciu w getcie podjęli ryzyko ucieczki na „stronę aryjską”. Szacuje się, że na ziemiach polskich przetrwało w ukryciu lub pod fałszywą tożsamością ok. 30-40 tys. Żydów. Cześć z nich ocalała dzięki bezinteresownej pomocy Polaków. Zdarzało się, że Żydzi ratowali się sami i ocalali wyłącznie dzięki własnej zaradności, albo – co było znacznie częstsze – otrzymywali wsparcie w zamian za sowite wynagrodzenie.