„Nie ma człowieka, którego wolno by było nam nienawidzić, naszą nienawiścią ścigać”, głosił ksiądz Jan Zieja podczas rekolekcji w 1940 roku.

Najważniejsze z przykazań: „Nie zabijaj – nigdy nikogo”, zrozumiał, kiedy jako młody ochotniczy kapelan wojskowy oglądał pola walki w wojnie z bolszewikami.

W międzywojniu kapelan zakładu dla ociemniałych w Laskach pod Warszawą, prekursor ekumenizmu, studiował judaistykę i angażował się w inicjatywy międzyreligijne. W czasie II wojny światowej współpracował z Radą Pomocy Żydom „Żegota” i Frontem Odrodzenia Polski, katolicką organizacją, która między innymi pomagała Żydom. Kapelan Komendy Głównej Armii Krajowej, ranny w Powstaniu.

„Naród ma dawać zadośćuczynienie”, mówił w sierpniu 1945 roku podczas kazania w Słupsku, gdzie objął parafię przy kościele św. Ottona. „Mamy prawo od niego tego żądać, ale nam nie wolno w tej sprawie przekroczyć granicy, a tą granicą jest fakt, że Niemiec jest człowiekiem!”.

Kiedy się z czymś nie zgadzał, reagował.

Krytycznie komentował list papieża Piusa XII z 1948 roku do biskupów niemieckich. Uważał, że poza wyrazami współczucia dla uchodźców, winien zawierać wezwanie narodu niemieckiego do pokuty. W 1953 roku, po aresztowaniu prymasa Wyszyńskiego, nie odczytał z ambony oświadczenia Episkopatu piętnującego udział w „akcji podziemnej”. Powołał się na zalecenia Prymasa, aby kierować się własnym sumieniem.

Pozbawiony funkcji kościelnych w 1958 roku pisał: „Nie mogąc się doczekać przez osiem lat dania mi samodzielnej placówki parafialnej, za swą »parafię« w Warszawie będę odtąd uważał wszystkich żyjących tak czy inaczej poza Kościołem (Żydzi, niewierzący, sekciarze, publiczni grzesznicy, prostytutki itp.) i wśród nich będę się starał pracować”.

Pod koniec lat 60. zaangażował się w działania opozycji, był wśród założycieli Komitetu Obrony Robotników.